摘要:
洞穴鱼类使人着迷主要归因于人们观察到其在适应洞穴或地下生活的过程中形成了一系列不同寻常的形态变化。这些特征演化被认为与其代谢与能量的需求平衡有关。线粒体在有氧利用和能量代谢方面发挥着关键作用，因此在洞穴鱼类的进化过程中线粒体基因或许受到特定的选择压力。在该研究中，我们组装、注释并报道了一种典型的中国洞穴鱼类——三峡金线鲃的线粒体基因组。基于该物种以及其他在NCBI上可获得的金线鲃属鱼类线粒体全基因组序列，我们新构建了包含29个物种在内的金线鲃属鱼类系统发育关系。在该线粒体基因组系统发育关系中，金线鲃属鱼类可分为5大类群，其中近期新成立的“小眼金线鲃物种组”的类群地位得到了支持。为了检测不同形态的金线鲃属鱼类在线粒体蛋白编码基因上是否存在不同的选择压力，我们根据其洞穴适应程度相关的形态特征（包括眼睛形态和体色）将29个物种分为3组。枝模型进化分析结果表明与地表类群相比，洞穴类群具有更高的非同义/同义碱基替代速率（ω），这可能是一种适应性进化与选择压力放松相互平衡的结果。通过一套综合的位点和枝位点模型分析方法，我们在9个线粒体蛋白编码基因上共鉴定出24个高可信度的正选择位点，其中大多数位点具有使氨基酸性能发生激进性改变的特征。该研究为适应地下环境生存繁衍的金线鲃属洞穴鱼类的系统演化关系及其线粒体基因组进化选择研究提供了新的视角。
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