摘要: DNA不仅是主要的遗传物质，同时也是生物进化史的重要记录者。通过DNA序列分析研究生物的进化历程、确定物种间的进化关系具有许多的优越性。第1，DNA仅由4种基本结构单位（G、A、T、C）组成，其序列上的异同是明确无误的，因而易于分析。第2，DNA序列含有无比丰富的进化信息。有些物种的基因组中具有多于1011个碱基对。第3，DNA序列相对易于获取。特别是随着近年来PCR技术的应用与推广以及人类基因组项目的实施，DNA序列正以爆炸性的速度积累起来。正是由于上述这些原因，DNA序列分析已成为生物系统与演化研究中最重要与最热门的工具之一，并取得了许多令人瞩目的结果（张亚平，1995；Miyamoto等,1987;Hillis等,1990;Zhang等，1993）。以DNA序列研究物种的进化关系，大致分两大步骤：1）根据研究的对象与目的，选择适当的基因或其他DNA区域，并测定目标DNA片段的序列。对于近缘物种的研究，应选用进化速度比较快的区域；对于远缘物种，则应选用相对保守的区域。2）通过DNA同源序列的比较，采用一定的系统重建途径与方法，确定基因系统树和物种系统树。如何正确地分析DNA序列以从中获取进化信息？这方面的研究已取得长足的进展，但尚有许多未能解决的问题。本文拟对系统研究中如何比较分析DNA序列作一简单的介绍与探讨。