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Construction Fractional Genomic Libraries and Screening Microsatellites DNA of Esox reieherti Dybowski

王洪哲 殷倩茜 冯志纲 李大宇 孙效文 李 婵

Construction Fractional Genomic Libraries and Screening Microsatellites DNA of Esox reieherti Dybowski. Zoological Research, 2008, 29(3): 245-252. doi: 10.3724/SP.J.1141.2008.03245
Citation: Construction Fractional Genomic Libraries and Screening Microsatellites DNA of Esox reieherti Dybowski. Zoological Research, 2008, 29(3): 245-252. doi: 10.3724/SP.J.1141.2008.03245

黑斑狗鱼部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选(英文)

doi: 10.3724/SP.J.1141.2008.03245
详细信息
    通讯作者:

    孙效文

Construction Fractional Genomic Libraries and Screening Microsatellites DNA of Esox reieherti Dybowski

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    Corresponding author: SUN Xiao-wen
  • 摘要: 采用磁珠富集与放射性杂交相结合的方法开发黑斑狗鱼(Esox reieherti Dybowski)基因组微卫星资源。基因组DNA 经Sau 3AⅠ限制性内切酶消化后,选取400―900 bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CA)12、(GA)12 探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32 P标记的放射性同位素探针进行第二次杂交。结果,共获得微卫星基因组文库1 600个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为90.91%;杂交后得到的阳性克隆为1 300个,占87.25%。从中挑出196个进行测序,192(97.96%)个含有微卫星序列。在得到的微卫星序列中,重复单元除CA/GT、GA/CT 外,还观察到单碱基、四碱基、五碱基重复单元。根据侧翼序列应用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物70对,选择合成32对,通过优化PCR反应条件,结果有28对引物可扩增出清晰可重复的目的条带。本研究旨在对黑斑狗鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为黑斑狗鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等奠定基础。
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出版历程
  • 收稿日期:  2008-03-17
  • 修回日期:  1900-01-01
  • 刊出日期:  2008-06-22

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