摘要:
新冠肺炎COVID-19的大流行对人类社会造成了巨大威胁。新冠病毒SARS-CoV-2主要通过呼吸道飞沫在人与人之间传播,但其能否通过冷链进行传播,这在国际上和学术界依然存在极大分歧。在这一研究中,我们开发了一个新方法,通过检测新冠病毒谱系特异性的进化速率是否显著降低来辨别这两种传播途径。通过分析4 039 521个新冠病毒的基因组序列和采样信息,我们发现北京新发地和奥克兰的两次疫情可能是由两个突变休眠变体分别引发。突变休眠变体代表在较长时间范围内从感染人群中持续分离出(几乎)相同的基因组序列的变体。我们也发现2020年7月的大连疫情和2021年5月的营口(鲅鱼圈)疫情在分子流行病学上存在关联,均由同一个冷链相关的突变休眠变体所引发。最早的SARS-CoV-2变体(即SARS-CoV-2最近共同祖先)也是突变休眠变体,并且在过去两年里该变体引起的溢出事件反复发生,表明武汉新冠肺炎疫情可能与冷链溢出有关。在所有检测到的例子中,病毒在冷链溢出后,随即在人与人之间的传播过程中重新开始变异。通过系统性的鉴定,我们粗略估计冷链相关的传播发生频率在0.1%–10%这一数量级。我们的结果表明新冠病毒冷链传播虽然稀少,但在全球范围内持续发生。