梨形环棱螺染色体水平基因组组装完成

Chromosome-level genome assembly of the freshwater snail Bellamya purificata (Caenogastropoda)

摘要: 梨形环棱螺隶属于腹足纲，新进中腹足总目，主扭舌目，田螺科，环棱螺亚科，石田螺属。它广泛分布于亚洲的淡水水域，是一种具有重要经济价值的可食用螺类，在淡水湿地中也发挥了重要的生态功能。梨形环棱螺的基因组信息十分缺乏，截至目前仍未有可参考的基因组。该研究通过PacBio测序和Hi-C技术组装获得了第一个梨形环棱螺染色体水平基因组，共产生了33.64Gb的环形一致性序列。初步组装的梨形环棱螺基因组大小为1.01Gb，Contig N50长45.14Mb。通过Hi-C技术的纠错，我们最终得到984.33Mb大小的梨形环棱螺基因组，Contig N50长37.21Mb，scaffold N50长141.97 Mb；并将99.28%的基因组序列锚定到8条染色体上，共预测了22125个蛋白编码基因。系统进化分析表明：梨形环棱螺与福寿螺大约在2.88亿年前产生分化。比较基因组分析表明：梨形环棱螺中有34个基因家族发生扩张，26个基因家族发生收缩，4个蛋白编码的基因被正选择（FDR<0.05）。该研究为进一步探究田螺科的生态学、进化以及遗传改良提供了宝贵的基因组资源。